Στις 29-31 Μαρτίου 1991 στην πόλη του Γκελεντζίκ πραγματοποιήθηκε το Πρώτο Ιδρυτικό Συνέδριο των Ελλήνων της Σοβιετικής Ένωσης, στο οποίο για πρώτη φορά συγκεντρώθηκαν 224 σύνεδροι, που εκπροσωπούσαν 56 ελληνικές κοινότητες της χώρας. Το Συνέδριο αυτό αποτέλεσε την αρχή του ελληνικού κινήματος στη σύγχρονη Ρωσία.
Τον Ιούλιο του 1992 στην πόλη Μινεράλνιε Βόντι πραγματοποιήθηκε το Συνέδριο ελληνικών κοινοτήτων της Ρωσίας. Στο Συνέδριο πήραν μέρος μόνο οι κοινότητες της Σταυρούπολης, των Δημοκρατιών της Καμπαρντίνο — Μπαλκαρία και της Καρατσάεβο Τσερκεσία, καθώς και κάποιες κοινότητες από το Κρασνοντάρ. Στο Συνέδριο δημιουργήθηκε η Ομοσπονδία Ελληνικών κοινοτήτων Ρωσίας και εκλέχτηκε πρόεδρος ο κ. Ιάκωβος Ματσουκάτοβ από την Σταυρούπολη. Ωστόσο, το Καταστατικό και άλλα απαραίτητα έγγραφα δεν κατατέθηκαν στα κρατικά όργανα εγγραφής των οργανώσεων.
Στις 31 Οκτωβρίου 1992 στο νέο Ιδρυτικό Συνέδριο συνήλθαν 32 σύνεδροι από τις 14 κοινωνικές οργανώσεις: περιοχή του Κρασνοντάρ, Περιφέρεια του Ροστόφ, Αντιγκέα, Βόρεια Οσετία, Μόσχα, Αγία Πετρούπολη, Ουράλια, Μπασκιρία, περιοχή Κρασνογιάρσκ κ.α. Στο συνέδριο αυτό εγκρίθηκε το καταστατικό της νέας οργάνωσης — Ένωσης Ελληνικών Κοινοτήτων Ρωσίας.
Πρόεδρος εξελέγη ο Γ. Μελανιφίδης. Το Καταστατικό αυτό επισημοποιήθηκε από το Υπουργείο Δικαιοσύνης στις 12 Αυγούστου 1993.
Η Ένωση Ελληνικών Κοινοτήτων Ρωσίας απευθύνθηκε στην Ομοσπονδία Ελληνικών Κοινοτήτων Ρωσίας με την πρόταση να ενωθούν σε μια οργάνωση. Το ενωτικό Συνέδριο πραγματοποιήθηκε στις 17 Σεπτεμβρίου 1993 στην Σταυρούπολη, και επειδή η Ένωση ελληνικών κοινοτήτων της Ρωσίας ήταν ήδη νομιμοποιημένη οι δυο οργανώσεις ενώθηκαν υπό την ονομασία Ένωση Ελληνικών Κοινοτήτων Ρωσίας. Η Ένωση αποτελούνταν τότε από 23 οργανώσεις από τις 12 περιοχές της Ρωσίας.
Έτσι ξεκινάει η ιστορία της Ένωσης ελληνικών κοινωνικών οργανώσεων της Ρωσίας (AGOOR). Ο Πρόεδρος της Ένωσης ελληνικών κοινοτήτων της Ρωσίας εξελέγη ο κ. Κ. Ντμίτριεβ από το Κρανοντάρ. Στη συνέχεια, τον Ιούνιο του 1997, στο επόμενο συνέδριο της AGOOR, το οποίο έλαβε χώρα στο Νοβοροσίσκ, έγιναν αλλαγές στο Καταστατικό, συμπεριλαμβανομένης της αλλαγής της ονομασίας — AGOOR. Λήφθηκε το πιστοποιητικό κρατικής εγγραφής στις 21 Απριλίου 1998. Ο Πρόεδρος εξελέγη ο κ. Γ. Τσοπόζοβ από την Στάνιτσα Εσσεντούκσκαγια.
Από 2000 έως 2004, Πρόεδρος της AGOOR είναι ο κ. Β. Κάϊσεβ.
Στο Συνέδριο στις 6 Ιουνίου 2004 στο Ροστόφ του Ντον, στο οποίο πήραν μέρος 62 σύνεδροι, Πρόεδρος της AGOOR εξελέγη ο κ. Ιβάν Σαββίδης.
