Ο Βασίλης Καλαφάτης γεννήθηκε στην Ευπατορία στις 29 Ιανουαρίου 1869 σε οικογένεια μεταναστών. Δυστυχώς, δεν είναι γνωστό πώς και από πού έφτασε η οικογένεια Καλαφάτη στη Ρωσία και εγκαταστάθηκε στην Ευπατορία.
Από τα έγγραφα της οικογένειας του διασώθηκε μόνο ένα διαβατήριο, το οποίο εκδόθηκε το 1898 στην Ευπατορία του Κυβερνείου της Ταυρίδας για τον Βασίλη Καλαφάτη, μεσοαστό, Έλληνα ορθόδοξο. Το επίθετο της μητέρας του ήταν Χρυσικοπούλου. Όπως ήταν συνηθισμένο εκείνη την εποχή, ασχολιόταν με τις εργασίες του σπιτιού και με τα παιδιά της. Η οικογένεια ήταν πολύ μεγάλη καθώς αποτελείτο από δώδεκα παιδιά. Δεν είναι γνωστή η μοίρα όλων των παιδιών. Το μόνο σίγουρα γνωστό είναι ότι ο αδελφός του Δημήτρης Καλαφάτης ήταν σοσιαλδημοκράτης και έμεινε γνωστός στη ρωσική ιστορία ως συμμετέχων στο 2ο συνέδριο του ρωσικού σοσιαλδημοκρατικού κόμματος, το 1902, στις Βρυξέλλες.
Στο Κρατικό Αρχείο της Αυτόνομης Δημοκρατίας της Κριμαίας φυλάσσεται ένα έγγραφο στο οποίο αναφέρεται: «… ο ιδιοκτήτης της οικίας Νικόλαος Καλαφάτης, μέχρι τις 13 Μαρτίου 1900, πρέπει να φτιάξει το πεζοδρόμιο στη νότια πλευρά του κτηρίου Σας, το οποίο βρίσκεται απέναντι από την προβλήτα, δίπλα στην οικία του Παναγιώτοφ». Η οικία του Έλληνα εμπόρου Αθανάσιου Παναγιώτοφ κτίστηκε το 1899 στην κεντρική οδό της πόλης, τη Λαζαρέφσκαγια. Επρόκειτο για ένα κτήριο πρωτότυπης αρχιτεκτονικής, κομψοτεχνημένο με σύμβολα της θάλασσας. Από το 1984 θεωρείται αρχιτεκτονικό μνημείο. Το 1890 τα αδέλφια Παύλος και Νικόλαος Καλαφάτη έλαβαν άδεια να ανοίξουν ταβέρνα. Και για προφανείς λόγους ο Βασίλης Καλαφάτης, τα σοβιετικά χρόνια, ποτέ δεν αναφέρθηκε στις δραστηριότητες των συγγενών τους στην Ευπατορία.
Η οικογένεια Καλαφάτη ήταν σε καλή οικονομική κατάσταση, γι' αυτό και έριξαν μεγάλο βάρος στην καλή εκπαίδευση των παιδιών τους. Ο Βασίλης στάλθηκε να σπουδάσει σε γυμνάσιο. Το γυμνάσιο αρρένων στην Ευπατορία ιδρύθηκε στις 14 Σεπτεμβρίου 1876. Στην αρχή δεν είχε δικό του κτήριο και στεγαζόταν σε ένα ενοικιαζόμενο κτήριο στην οδό Λαζαρέφσκαγια. Και το εκπαιδευτικό πρόγραμμα, τα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του, δεν ήταν ολοκληρωμένο. Λειτουργούσαν μόνο οι τρεις πρώτες τάξεις καθώς και μία τάξη προετοιμασίας.
Κατά τη διάρκεια των σπουδών του στο γυμνάσιο, ο νεαρός παρουσίασε έφεση στη μουσική. Στην αυτοβιογραφία του ο Βασίλης Καλαφάτης έγραψε: «… Στο γυμνάσιο τραγουδούσα στη χορωδία και συχνά αναπλήρωνα τη θέση του δασκάλου μουσικής κατά την απουσία του, και όταν τραγουδούσαμε συνόδευα τη χορωδία με το φορτεπιάνο ή το αρμόνιο».
Τελειώνοντας το γυμνάσιο, είχε την τύχη να τον αναλάβει ένας σπουδαίος δάσκαλος, ο Λέο Γκουστάφ Κάρλοβιτς, υπό την καθοδήγηση του οποίου εκπαιδεύτηκε για αρκετά χρόνια στο φορτεπιάνο και στη σύνθεση μουσικής. Ήδη στα 18 του χρόνια ο Βασίλης Καλαφάτης συνέθεσε το πρώτο του μουσικό κομμάτι για το φορτεπιάνο καθώς και το «Ντουέτο για δύο βιολιά», τα οποία, δυστυχώς, δεν σώθηκαν.
Ο Λέο Γκουστάφ Κάρλοβιτς ήταν απόφοιτος του Ωδείου της Λειψίας, εξαιρετικός πιανίστας και συνθέτης, θεωρητικός της μουσικής και δάσκαλος στο Ωδείο της Αγίας Πετρούπολης. Η κατάσταση της υγείας του τον ανάγκασε να μεταφερθεί στην Ευπατορία, όπου συνέχισε να ασχολείται με τη μουσική και τη διδασκαλία, μεταδίδοντας την αγάπη του για τη μουσική και τις γνώσεις του σε ικανούς μαθητές.
«Μέσα σε τρία χρόνια μαθημάτων μαζί του, απέκτησα αρκετά αξιόλογη τεχνική στο φορτεπιάνο, ήρθα σε επαφή με τη μουσική λογοτεχνία, κυρίως Γερμανών συνθετών, και έμαθα να συνθέτω αρκετά επιδέξια» έλεγε ο Βασίλης Καλαφάτης.
Νικολάι Ρίμσκι-Κόρσακοφ
Το 1892 ο Βασίλης Καλαφάτης μετακόμισε στην Αγία Πετρούπολη, όπου φοίτησε στο Ωδείο της πόλης υπό την άμεση καθοδήγηση του Νικολάι Ρίμσκι-Κόρσακοφ. Αφού τελείωσε το 1899 τις σπουδές του στην κλασική σύνθεση, ο Καλαφάτης έγινε υπεύθυνος ελέγχου του Ωδείου Αγίας Πετρούπολης (1901–1905), ενώ από το 1906 έως το 1929 δίδασκε και ο ίδιος εκεί. Το 1908, ως ανώτερος δάσκαλος πια, δίδασκε αρμονία, ενώ το 1911 ήταν ένας από τους πρώτους στη Ρωσία που εξέδωσαν λεξικό. Το λεξικό είχε τίτλο «Συνοδοιπόρος του μουσικού». Το 1912 ο Βασίλης Καλαφάτης έγινε καθηγητής στη σύνθεση.
Το 1928 ο Βασίλης Καλαφάτης βραβεύτηκε για το συμφωνικό του ποίημα «Λεγκέντα» (Θρύλος) σε διεθνή διαγωνισμό στη Βιέννη, ο οποίος ήταν αφιερωμένος στα 100 χρόνια από το θάνατο του Φραντς Σούμπερτ. Την επόμενη χρονιά ο Καλαφάτης βγήκε στη σύνταξη. Σύμφωνα με την κόρη του Λύδια, ο Βασίλης Καλαφάτης απολύθηκε από τη δουλειά του γιατί επέμενε να διδάσκει με παλαιές μεθόδους.
Πορτρέτο του Φραντς Σούμπερτ
Το ύφος του Καλαφάτη εναλλάσσεται μεταξύ των συνθέσεων του Ρίμσκι-Κόρσακοφ και των συνθετών του κύκλου του Μπελιάεφ. Μεταξύ των έργων του, το πιο διάσημο είναι το συμφωνικό ποίημά του «Λεγκέντα», το οποίο συνέθεσε στη μνήμη του Φραντς Σούμπερτ και για το οποίο βραβεύτηκε σε διεθνή διαγωνισμό που έλαβε χώρα στη Βιέννη το 1928.
Το 1936 ο Καλαφάτης υπενθύμισε σε όλους την ελληνική καταγωγή του και συμπεριέλαβε τη Σαμιώτισσα σε ένα μουσικό κομμάτι για δύο ανδρικές φωνές, συνοδεύοντάς το με το φορτεπιάνο.
Στις 5 Νοεμβρίου 1941, δύο μήνες πριν από το θάνατό του, ο συνθέτης έλαβε το τελευταίο του βραβείο στο Λενινγράντ, το οποίο είχαν περικυκλώσει οι Γερμανοί.
Ο γιος του συνθέτη, Ανατόλι, ακολουθώντας τα χνάρια του πατέρα του, διατήρησε το αρχείο του, το οποίο στη συνέχεια πωλήθηκε σε ένα κατάστημα με αντίκες στο Μοναστηράκι της Αθήνας. Το αρχείο του Βασίλη Καλαφάτη κατέληξε τελικά στο τμήμα Μουσικών Σπουδών του Ιονίου Πανεπιστημίου, στην Κέρκυρα.
Τον Ιανουάριο του 2008, το προσωπικό αρχείο του Βασίλη Καλαφάτη, που αποτελείται από 138 έντυπες και χειρόγραφες συνθέσεις, παρουσιάστηκε σε μία έκθεση που διοργανώθηκε από το Τελλόγλειο Ίδρυμα Τεχνών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
Λεωνίδας Καλαφάτης (γιος του Βασίλη Καλαφάτη), διακεκριμένος καλλιτέχνης της Τσουβασίας, ο οποίος συμμετείχε στον Μεγάλο Πατριωτικό Πόλεμο
Για τη σύνταξη της βιογραφίας χρησιμοποιήθηκε υλικό από τη ρωσική έκδοση της ιστοσελίδας www.rusgreek.ru.